Daerah pelabuhan yang menjadi tanggung jawab PTB dibagi menjadi dua bagian, yaitu wilayah Muara Jawa dan Muara Berau.
PTB bertujuan untuk memperlancar operasi dari pelabuhan Muara Jawa dan Muara Berau untuk membantu kapal / tongkang-tongkang muatan batubara, bersandar dan lepas sandar ke kapal induk serta memandu menempatkan kapal induk berlabuh jangkar yang aman dengan respon yang cepat jika terjadi kebakaran atau polusi.
Samarinda
Pelabuhan Muara Jawa dan Muara Berau adalah kawasan lindung, dijaga oleh tim keamanan (security) yyang berpengalaman dan siap untuk berdiri selama 24 jam dalam sehari di Muara Berau dan Muara Jawa dan bekerja sama dengan Polisi Air Laut dan KPLP setempat. Sehingga kedatangan penyusup dapat dideteksi dan dicegah sebelum daerah pelabuhan mendakati. Menurut hukum Indonesia pada perlindungan lingkungan, tidak ada minyak, batu bara, atau limbah minyak campuran diperbolehkan untuk dibuang ke wilayah pelabuhan.
Dumai
Untuk kelancaran pengguna pelabuhan dengan tujuan memfasilitasi standar pelabuhan Muara Jawa dan Muara Berau, PT. PTB telah mengoperasikan dua 2 (dua) unit kapal tunda, 2 (dua) kapal percontohan, keselamatan 2 (dua) kapal dan 1 (satu) kapal umum untuk membantu kapal / tongkang batubara kargo tongkang, ramping dan dermaga longgar untuk kapal induk dan panduan kapal untuk menempatkan kapal induk merapat kapal jangkar respon yang aman dan cepat dalam kasus kebakaran atau polusi. Dalam hal hal yang tidak diinginkan seperti misalnya, api, PT. PTB telah menyediakan dua (2) unit kapal keselamatan kebakaran selama 24 jam.